国内外部分旅游区，由于在开发建设初期对旅游环境污染问题未予充分重视，在旅游资源开发及旅游经营过程中，酒店、民宿、餐厅等迅速发展，游人大量涌入后，出现了严重的环境污染问题，大理洱海就曾因为环境问题封闭整顿，关闭了上千家客栈。
旅游环境污染不仅影响了旅游业本身，还破坏了旅游环境资源和生态平衡，一些旅游资源在遭受不太严重的破坏之后，有些可以自然恢复，例如植被，但需要很长的时间。然而有些旅游资源，例如自然旅游资源中的山体、洞穴、古生物化石等，一经破坏便根本不可能恢复。
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旅游资源是旅游业的基础，是由旅游资源的不可替代性特点决定的，因此做好资源保护是最为重要的任务。自20世纪50年代以来，一些国家或地区为了应对经济社会发展中存在的资源耗竭和生态破坏问题尝试采用了一种经济解决手段——生态补偿。比如哥斯达黎加建立的国家森林基金，该项制度开始于1996年的森林法。森林法规定，来自于天然林、树木种植、经济林种植所提供的固碳、水资源保护、生物多样性保护以及观光风景服务可以得到补偿。补偿标准的制定依据土地利用的机会成本，通常高于放牧地的租金费，并制定了详细的补偿方案。
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在哥斯达黎加，人们认为能够使自己的森林保持完整，河流保持清洁的土地业主应该获得报酬，因为森林能够维护流域并使河流免于泥沙淤积，而这将有利于水坝业主、渔民、农民以及下游的生态旅游公司。为了支付这些环境服务费，哥斯达黎加于1997年开始按矿物燃料市场价值的3.5%对碳排放进行征税，其所得税收进入国家森林基金以资助土著社区保护其周围的森林。同样的，生态补偿也适合于旅游环境资源的保护。
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对旅游环境资源实施生态补偿应注重人文性和生态保护协调发展，使旅游地更可持续发展，吸引更多游客。在具体方法上，应以相关法规为基础，在平时开放过程中注意维护，避免不必要的损害，在补偿方式上应与当地居民沟通协商，以充分补偿为原则，兼顾当地居民生计和发展，让居民充分参与、充分监督。
在我国日趋严重的环境资源形势下，实现经济社会的可持续发展面临着严峻的环境压力，建立生态补偿机制是保护生态环境的重要手段，也是构建生态文明制度体系的重要内容。
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